凈化車間設計工程人員管理是一門重要學科。投資建設一個凈化車間，如果因為管理不到位，投入使用使必將一塌糊涂，使凈化車間設計工程形同虛設，這將導致無法估計的損失。
一、進入的管理，包括對凈化車間設計工程工作人員進入、物料進入、各類設備的搬入以及相關的設備、管線的維護管理，應做到不得將微粒、微生物帶入凈化車間。
二、操作管理技術，對凈化車間設計工程內人員用潔凈工作服的制作、穿著和清洗;操作人員的移動和動作;室內設備及裝修材料的選擇和清掃、滅茵等，盡可能地減少、防止無塵室內塵粒、微生物的產生、滯留、繁殖等。
三、嚴格各類設備、設施的維護管理，制定相應的操作規程，保證各類設備、設施按要求正常運轉，包括凈化空調系統、各類水氣電系統、生產工藝設備和工器具(工裝夾具)等。以確保凈化車間設計工程產品生產工藝要求和空氣潔凈度等級。
四、清掃、滅菌管理，對凈化車間內的各類設備、設施的清掃、滅茵以及方法、周期和檢查作明確的規定，防止、捎除無塵室內塵粒、微生物的產生、滯留、繁殖。
五、凈化車間設計工程環境控制的內容包括：空氣凈化、潔凈建筑、與產品直接接觸的水或氣體或化學品和生產設備、工器具等的污染物控制以及微振動、噪聲、靜電的控制、防止等。
凈化車間設計工程的管理是值得重視的，良好的管理方案能夠讓凈化車間發揮最大的功效，也能夠增長凈化車間的使用壽命。
